植物Cas9靶点设计网站简介

我在前面的简文中已经基本阐述了Cas9的作用机制,详细内容可以看CRISPR-Cas9系统简介一文。今天,就来讲一讲怎么实际使用这个系统来帮助我们进行功能基因的研究。这个技术一问世,很多大牛就开始使用,植物学领域的应用,使得我们能够更方便的有目的的去编辑我们想要编辑的植物基因组。今天就推荐几个网站,寻找靶点序列的网站。前面我们也提到过,好的靶点的选择,可以减小脱靶率,大大提高我们编辑的效率。能够极大提高我们的实验效率,不然像我们植物学领域的苦逼博士,不得疯掉,一直一直脱靶的话,那么就真的非常的酸爽。

CRISPR-PLANT

具体网址:https://www.genome.arizona.edu/crispr/index.html。 看这个网址,应该是Arizona大学出品的。这是一个专门针对植物CRISPR靶点设计网站,比较专业,较为好用的网站。首页有一张模式图,而且还有对CRISPR-Cas9系统的基本介绍,大概可以了解。
网站首页
导航栏中有几个标签链接,如果你不知道怎么使用,那么你就可以点击instruction来学习,里面有比较详细的介绍。如果要开始找靶点,那就点击search。
导航栏
进入search主页,就可以看到查找的方式。这里它也建议你先看知道手册,然后在进行设计。查找的输入信息有两种,a.染色体位置信息;b.基因locus,通常情况下我们在查找的时候感觉locus用的比较多,一般你肯定是知道基因的信息去进行search。
search主页
这个网站可以找的物种包括拟南芥、二穗短柄草、大豆、蒺藜苜蓿、水稻、高粱、番茄和玉米;还是挺多的,一般都能符合需求。当然,如果你的物种实在是太过于小众,那么可惜,没法用这个网站进行。那么,下面这个网站就可以一定程度满足你。
这里给的物种基因组

CRISPRSCAN

具体网址:http://www.crisprscan.org/?page=sequence。这个网站是都是动物的,没有植物物种的,但是为什么要推荐这个网站呢?因为我们最开始就是使用这个网站进行靶点筛选的,之后在拟南芥和番茄中进行了尝试敲除,结果都能够得到敲除的株系,也是能够使用这个来进行引物的设计。
网站首页
这个网站里,有很多动物,果蝇、人类、小鼠和鸡等物种,没有植物的,但是你可以选择No search这个选项,然后将你的序列黏贴进去,之后会出来靶点,但是它的评估只有一个score,没有其他的了。这个网站,现在对我们植物的来说,还是基本不用了,有其他专门的植物的网站。下面这个网站就更好了,非常全面的植物的网站。
这个网站有的一些物种

CRISPR-P 2.0

具体网址:http://crispr.hzau.edu.cn/CRISPR2/。这个网站是华中农业大学大学设计的,做的还是很不错的。用了之后,感觉比前面两个的内容更丰富,而且评估的更全面。
网站首页,也很漂亮
点击网站右上角的start design,你就可以开始设计相应的引物。里面的信息更加细化。有pam类型选择,启动子选择,引导序列的长度,物种基因组选择,可以通过locus以及位置信息和序列进行靶基因的选定。它这个网站的物种数据是整合了NCBI数据库,所以基本包括了已经测序完全的植物基因组,解决了物种限制这个问题,普遍性强了。
设计页面
我用网站中的例子,来展示一下靶点搜索结果。它可以根据开始的碱基A/G来筛选靶点,也可以通过score、gc含量和位置信息来进行靶点筛选。此外,当你将鼠标移到靶点上,会出现具体信息:显示了位置,打分,序列,切割位点(红色箭头),启动子,以及脱靶位点数量和错位碱基数等,可以说相当丰富。而且,如果某些靶点存在酶切位点,也会同时显示出来。如果不理解这些参数,网站首页的help会有详细的解释,包括怎么选择靶点。
靶点
靶点信息
这几个CRISPR相关的网站介绍就到这里结束了,具体应用还是需要有实际例子去使用,尝试。
今天是大年初一,给大家拜个年,新春快乐,实验顺利,早发paper。

坚持原创技术分享,您的支持将鼓励我继续创作!